风冷式冷水机和水冷式冷水机虽然都是冷水机，但是机组本身冷却的方式不同，因此在安装方式也是不同的。风冷式比较方便，接上水管和电源就可以运行了，但是制冷效果比水冷式冷水机要稍差，因为风冷式冷水机的冷却方式是空气，而空气受环境温度影响较大，而组安装位置也需要在冷水机四周留有空间。

水冷式冷水机因其使用水为其本身冷却，所以名之为水冷式，水冷式冷水机需要安装冷却水塔为机组冷却，在管道工程上比风冷式冷水机多二条水管，但是水冷式冷水机效果比风冷好很多，甚至在选型上可以比风冷式小一个型号，所以在有安装条件下，大多数用户会选择水冷式冷水机。